一般情况下，智能立体仓库的规划建议工厂建筑高度至少为8米，而一般建筑间距一般为 10-24米。具体高度应依据存储类型、设备的挑选建筑标准来决定。合理的楼房高度是提升仓储密度和减少每单位存储成本的重要因素。
不同种类的立体库方案分别有不同的高度规范：托盘式立体库的净高度要求是8米，一般处于12到20米之间，以满足大宗工业产品的储放；而箱式Miniload立体库或穿梭车策略的高度至少要求是6米，适宜储放小型零部件。因为消防规范限制，上位立体库的高度一般控制在24米以下，以保证存储量与合规要求之间的平衡。
在设计高度时，应考虑保留安全空间：在估计可用高度时，应扣除安全设备、照明管道和设备运行所需的间隙。一般情况下，埋设1至1.5米，不能仅根据建筑物的总高度进行设计。对于旧厂改造工程，还需要检查路面承载能力和梁柱结构，以保证系统的连续安全运行。
假如厂房的层高不够6米，可以选择采用多层穿梭车与斗提机结合的仓储方案，那样无需使用上位堆垛机，依然能够实现智能化存放，适宜中小规模工厂的仓储更新要求。
