洁净厂房空调系统与一般工业建筑的空调系统的差异，它主要对管制区的洁净度有非常高规定。半导体器件厂房内，在硅衬底上只需落有电路线宽1/10～1/3大小的小浮尘，就会导致处理芯片线路短路。洁净厂房空调系统除对洁净度要求很高外，还对温度、环境湿度、振动、噪声等都有不同水平规定。
与此同时，由于半导体器件生产工艺流程的特征，规定洁净厂房内24小时（24h)维持对应的洁净度，因此，清洁空调系统(包含通风系统)、向其配套冷、热源以及相应的输送设备需每天24h运作，也与其他空调系统极为不一样。使用时间增长也使之空调系统的节能更加具有价值和实际意义。
为了实现洁净厂房空调系统的节能目标，可以采取一些常见的措施。例如，采用排架结构隔热保温，系统变流量，使用排风系统余热回收技术，并应用有效率的制冷机组和离心水泵或风机等设备。这些措施能够综合运用，以制定出洁净厂房空调系统的节能设计方案，以达到节能效果。与此同时，洁净厂房空调系统有自己的优势，都有自己的系统软件节能特性和方法。
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